La Facultad de Medicina se fundó en 1929 iniciando las clases de la Escuela de Medicina en 1930.
La Escuela de Medicina, en sus comienzos, no contaba con ningún departamento clínico, por lo que los alumnos después de aprobar los cursos de los primeros años se trasladaban a la Universidad de Chile para completar su educación médica: Fue así hasta finalizar 1955, en que se creó el 7º año y se obtuvo la Autonomía Docente.
El Hospital Clínico de la Universidad Católica fue entregado a la comunidad universitaria el 27 de noviembre de 1939, siendo Decano el Dr. Cristóbal Espíldora, lo que hizo posible organizar los departamentos clínicos.
Sin embargo, la Escuela de Medicina de la Universidad Católica no recibió los derechos legales para otorgar el título de médico cirujano hasta 1980. Hasta entonces los estudiantes tenían que rendir sus exámenes finales en la Universidad de Chile y recibían su título de Médico Cirujano de esa Universidad.
En 1976 la Universidad emprendió un proceso de reorganización y creó varias facultades nuevas, incluyendo una Facultad de Ciencias Biológicas formada a partir de los Departamentos de Ciencias Básicas de la Escuela de Medicina. De esta manera, la Escuela de Medicina quedó integrada solamente por los Departamentos Clínicos y el Departamento de Anatomía.
Por esta razón, desde entonces los cursos de ciencias básicas son dados por profesores que comparten responsabilidades docentes en la Facultad de Medicina y en la Facultad de Ciencias Biológicas. La cooperación entre ambas facultades ha sido siempre excelente. Esta relación fue particularmente útil durante la implementación del cambio curricular en la Escuela de Medicina iniciado en 1993 y completado en 1998.
Durante la última década una nueva generación de académicos de la Escuela de Medicina, orientado a la investigación, está asumiendo responsabilidades crecientes en los cursos de ciencias básicas, facilitando una integración efectiva de los contenidos básicos y clínicos en cursos tales como Biología Molecular, Farmacología y Fisiología, entre otros.
Así mismo en la última década la Escuela de Medicina puso en marcha un proceso de revisión de sus propósitos y objetivos, y emprendió una reorganización administrativa. Este proceso tomó un curso acelerado en 1992 con la adopción de un plan estratégico, cuyos principales objetivos fueron: crear una masa crítica de académicos de tiempo completo, mejorar el estado financiero, y establecer un equipo de gobierno capaz de alcanzar estos objetivos.
Simultáneamente se efectuaron otros cambios como la redefinición del papel de los jefes de departamento y la alineación de la práctica privada de la Facultad con los objetivos institucionales.
Como fruto de este esfuerzo se ha logrado constituir una masa de académicos con dedicación preferencial a la vida universitaria, se ha completado el desarrollo de todas las áreas de especialidad, se ha establecido una “Red de Salud” y se generan recursos económicos suficientes para financiar un importante plan de inversiones que asegure un crecimiento sostenido y permita responder a las necesidades más relevantes en el campo de la salud y la Medicina.
La Escuela de Medicina, en concordancia con la tercera misión de la Universidad, contribuye al desarrollo y enriquecimiento espiritual, cultural y material del país. Ello a través de la extensión académica e iniciativas que difundan lo que hacemos, mediante la participación visible y gravitante en los temas de debate público: bioética, educación médica, políticas de salud entre otras y en el desarrollo de actividades que influyan activamente en el desarrollo de Chile.
A modo de ejemplo, su Centro de Bioética es un referente nacional en estas materias, el proyecto Ancora constituye un modelo de atención primaria y medicina familiar, y, en conjunto con Asofamech hemos tenido una activa participación en la génesis e implementación del Examen Médico Nacional.