La Escuela de Medicina se organiza en Departamentos, Divisiones, Secciones y Unidades Docentes Asociadas, con el fin de facilitar y potenciar un mejor funcionamiento.
El Departamento es la unidad básica y más importante del quehacer universitario, donde se ejecutan las políticas, programas y planes de trabajo de la Escuela correspondiente.
La División agrupa a Departamentos, Secciones y Unidades Docentes Asociadas que comparten intereses y objetivos académicos y asistenciales.